El primer problema que plantea el estudio celular es el tamaño que presentan las células, ya que no son visibles a simple vista y se necesita la ayuda de algunos aparatos.
El microscopio óptico se puede utilizar para la observación de células y estructuras que no sean inferiores a 0,2 mieras; si se necesita efectuar un corte para ver algo con detalle debe utilizarse una herramienta de precisión llamada micrótomo ya que el corte debe ser lo suficientemente fino como para que deje pasar la luz; si lo que se quiere observar son células vivas se utiliza una tinción con colorantes que no afecten a la célula.
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