La respiración acuática se realiza por medio de unas estructuras especializadas que reciben el nombre de branquias. Estas branquias consisten en unas delgadas láminas que se encuentran muy irrigadas y que mantienen un contacto constante con el agua de donde extraen el oxígeno que necesitan. Se pueden encontrar branquias en animales invertebrados donde adoptan las formas más diversas pudiendo ser laminares, ramificadas y se pueden localizar en diferentes partes del cuerpo como en las extremidades o en el interior del manto de los moluscos.
En algunas especies, las branquias se acompañan de estructuras asociadas como los cilios que aumentan el movimiento del agua y facilitan el intercambio con las branquias, en otros casos existen estructuras que las protegen. En los vertebrados, las branquias aparecen en los peces y se sitúan la parte anterior del aparato digestivo dentro de unas aberturas llamadas hendiduras branquiales.
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